Fakultní nemocnice Plzeň získala statut výzkumné organizace dne 29. září 2010, výzkum je její nedílnou součástí činností. Do roku 2012 byl financován z grantových projektů českých i mezinárodních grantových agentur, od roku 2012 je výzkum dotován z prostředků MZ ČR a mluví se o tak zvaném institucionálním výzkumu.
Pro tento výzkum byla v roce 2012 vypracována dlouhodobá koncepce, jejíž základním podkladem byl materiál Ministerstva zdravotnictví "Koncepce aplikovaného zdravotnického výzkumu a vývoje na léta 2010 - 2017"
Zásadním cílem je výzkum, který umožní zdokonalení diagnostiky, terapie a prevence onemocnění a pomůže zavádět své výsledky co nejrychleji do rutinní praxe.
Mezinárodní spolupráce:
- v rámci mezinárodních projektů spolupracujeme s USA, Polskem a Německem
- ve spolupráci s LF Plzeň se FN Plzeň aktivně podílela na 3 projektech 7.rámcového programu EU
- ve 4 výzkumných projektech pracují zaměstnanci FN jako lektoři
- odborníci z FN Plzeň spolupracují v celé řadě projektů v rámci evropských lékařských společností